Fue fundado el 14 de noviembre de 1951 como Municipal de Zacapa, por David Alfonso Ordoñez Bardales. El equipo ganó su ascenso a la Liga Nacional en 1959, también tuvo participación en la Copa Guatemala de 1960.1 El club ha tenido altibajos durante su trayectoria en la Liga, ya que tuvo varios descensos a primera división en 5 ocasiones. También logró llega a la final del Torneo de Copa en 2009 pero la perdió ante Comunicaciones por marcador global de cinco goles a uno.
Deportivo Zacapa desciende a Segunda División